Tras la Segunda Edad muchas de las Águilas marcharon al Oeste, pero algunas de las que se quedaron fueron vitales para los acontecimientos de la Tercera Edad. Gwaihir se hizo amigo de Gandalf, y lo ayudó en repetidas ocasiones, como ocurrió en el año 2941 de la Tercera Edad, cuando le rescató junto con Thorin y compañía de los Orcos, además de participar en la Batalla de los Cinco Ejércitos, con el resto de su pueblo, tal y como podemos leer en El Hobbit.
Durante la Guerra del Anillo, Gwaihir rescató a Gandalf del pináculo de Isengard, cuando había sido hecho prisionero por Saruman; al igual que lo hizo del pico de Zirak-zigil tras el cruento enfrentamiento con el Balrog de Moria. Además, apareció, junto con su pueblo, en la Batalla de Morannon para participar en la lucha cruenta que allí se estaba llevando a cabo y ayudar en el rescate de Frodo y Sam en el Monte del Destino, una vez que el Anillo Único fue destruído.